图书馆由南馆、北馆、水保所专业分馆三部分组成，南馆凸现现代管理理念，实行以人为本全开放的服务模式；北馆承接古朴、典雅、实用之特色，又富含现代图书馆之功能；水保所专业分馆是为实施国家创新工程而设立的一个专业馆。全馆总建筑面积32866平方米（其中新建与扩建图书馆面积24120平方米）,阅览座位2050余个（其中电子阅览座位近400个）。经过70年的积累和建设，截止2005年7月底馆藏图书已达193.7余万册(件)(不含电子图书)。其中收藏外文图书17余万册，中文报刊2600余种,外文期刊2400余种,线装古籍5万余册,善本240册,光盘及网络数据库26种,中外文全文电子期刊16000余种,其中外文电子期刊4500种,基本形成农、工、文、理、管相结合，以生物学科为重点，以干旱半干旱地区农业研究为特色的馆藏体系。

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