在巴士翻车事故中留下来的一姬成功说服了前来追击的同学放下武器，但在内讧中有多名同学身亡。在一姬的指挥下，幸存者们度过了接下来的几天，但因为先前食用的“鹿肉”带有病菌，除了风见一姬以外的人都得病死了。天音叫来的救援人员赶到时，一姬也已奄奄一息。考虑到一姬的天才智能，当局决定把她整合到国防系统“塔纳托斯”当中，抗衡以希斯·奥斯陆为首的恐怖分子。　　由于塔纳托斯系统有极高的战略价值，希斯·奥斯陆重返日本要挟当局交出该系统，否则将引爆埋藏多处的炸弹。而当机立断地下令把狙击任务失败的雄二带回来的“教授”，正是他的亲姐姐风见一姬，也是塔纳托斯系统。　　由于希斯·奥斯陆用风见雄二的克隆体四处为害，风见雄二要被押送去受审，美滨学园也面临解散的命运。此时塔纳托斯联系到了美滨学园的学生，在她的精密统筹之下，美滨组成功夺回了风见雄二，同时自己也在雄二的旧相识的帮助之下脱离了塔纳托斯系统，并与美滨学园一行人汇合，尤其是弟弟风见雄二和老朋友周防天音重聚。　　由于塔纳托斯系统已失效，当局和希斯·奥斯陆的谈判破裂，但在美滨组的努力之下，炸弹危机得到了解决，风见雄二也渗透入奥斯陆一伙的秘密基地，一举捣毁了这个恐怖组织。此时玩家面临是否成为新的奥斯陆的抉择：如果取代奥斯陆，雄二会改名为“雄朗”，风见一姬也会在其麾下辅助工作，但是否有进一步的发展游戏没有提及；如果选否，风见雄二会和风见一姬她们一起在自己师父的遗产——太平洋无人小岛“灰色岛”建立新美滨学园。　　从塔纳托斯系统脱离时，一姬以左手佩戴义手的姿态出场，其实她的左手已经痊愈，那个义手其实是玩具来的。

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