1、评定机构不同北大核心全称为北京大学图书馆“中文核心期刊”，是北京大学图书馆联合众多学术界权威专家鉴定，国内几所大学的图书馆根据期刊的引文率、转载率、文摘率等指标确定的。而南大核心全称中文社会科学引文索引，是由南京大学中国社会科学研究评价中心，组织评定的，用来检索论文收录和文献被引用情况，是我国人文社会科学评价领域的标志性工程。

2、影响力不同南大核影响力大于北大核心。南大核心来源期刊,受到了学术界的广泛认同，从影响力来讲，其等级属同类划分中国内最权威的一种,入选难度高于北大核心。教育部已将南大核心数据作为全国高校机构与基地评估、成果评奖、项目立项、人才培养等方面的重要考核指标。

3、评定时间不同北大核心的评定频率低于南大核心。北大核心2008年之后为三年一评，南大核心为每两年一评

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