车船使用税滞纳金的计算方式如下：
1. 滞纳金起算日：自车船使用税应纳税款的截止日期（一般为3月31日）后1日起算。
2. 滞纳金计算日：自滞纳金起算日起，每滞纳1个月计算1%的滞纳金。

例如，某车主应于3月31日前缴纳车船使用税，但未缴纳，那么滞纳金的起算日为4月1日，滞纳金计算日为每滞纳1个月计算1%的滞纳金。如果该车主在5月31日前缴纳，则滞纳金为2%（4月份和5月份各计算1%），如果在6月30日前缴纳，则滞纳金为3%（4月份、5月份、6月份各计算1%），以此类推。

需要注意的是，滞纳金的最高限额为应纳税款的50%，如果超过50%，则按照50%计算滞纳金。

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