员工借款的确认会计分录如下：

借：员工借款（流动负债）
贷：银行存款（流动资产）

当员工向公司借款时，公司应该将借款金额记入员工借款账户，同时将相应的款项划拨到员工的银行账户中。因此，借款金额应该计入流动负债中的员工借款账户，同时在流动资产中的银行存款账户中记入相应的款项。这样可以保证会计账户的平衡。

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